Quando si dice un finale a sorpresa: lo stesso Ken Levine, game designer di Irrational, sostiene che il filmato conclusivo di System Shock 2 non era quello che era stato inizialmente progettato per il gioco.
"A causa di errori nella comunicazione o idee differenti, fu creato un filmato diverso da quello che avevo originariamente scritto per il finale del gioco", ha detto Levine in un video "dietro le scene" pubblicato sul sito di Irrational.
Il game designer sostiene che a quel punto, trovandosi di fronte al video diverso e non avendo modo di cambiarlo, si è trovato costretto a modificare alcune parti precedenti della storia in modo da far combaciare gli eventi con il finale, "eravamo completamente senza tempo e quella cutscene non era il finale giusto per il gioco", dice ancora Levine. D'altra parte, lo sviluppo di System Shock 2 è stato caratterizzato da diversi contrasti, nati in gran parte dalla collaborazione non facilissima tra Irrational Games e Looking Glass Studios.