Il supporto per le mod non è ancora supportato ufficialmente nell'ambito delle Universal Windows App, e considerando l'ambiente chiuso è difficile che si riesca ad ovviare il problema finché Microsoft non decide di inserire tale supporto.
Tuttavia, alcuni modder sono già all'opera e sembra siano vicini alla costruzione di modifiche per Killer Instinct. Come riporta DSOGaming, tal "Beterthnyu" è riuscito con successo a estrarre musica, personaggi e livelli dal programma e sta procedendo con la modifica di tali elementi. I primi esperimenti riguarderanno modifiche marginali, come il fiore di Aganos, poi il modder procederà con la sostituzione di interi modelli, come quello di Orchid tratto da Killer Instinct 2 al posto dell'attuale. In questo modo, si creerà quantomeno un modus operandi per la costruzione di mod, in attesa di un'apertura più netta delle UWA in questo ambito.
