Paper Mario è un platform-RPG.
Mario dovrà infatti viaggiare attraverso varie terre, dal deserto alle foreste pluviali, sullla terra, nell'acuqa e per aria, saltando, rompendo blocchi e scoprendo oggetti segreti.
Ma tutto questo parlando con personaggi, nemici ed avanzando in un storia tipica da gioco di ruolo.
Il gioco inizia nella maniera convenzionale, con Mario che parte per salvare la Principessa da Bowser, che ha rubato un artefatto magico chiamato Star Rod e lo ha reso così invincibile.
L'unico modo per sconfiggere il suo eterno avversario è raccogliere le 7 Stelle Spirito, e potrà farlo solo viaggiando in tanti bellissimi luoghi.