GameTrailers ha pubblicato un corposo video tratto dal gameplay di Prototype 2 e commentato dagli sviluppatori, che descrivono le azioni del personaggio nel corso di un'intera missione.
Le prime fasi sono chiaramente stealth, con il personaggio che si trasforma in un soldato per mimetizzarsi e accedere a una base nemica, quindi l'azione tipica del franchise si scatena fra salti, armi e lancio di oggetti contro un grosso mostro mutante.