Incontro complesso quello tra Nintendo e Atlus per la creazione di Tokyo Mirage Sessions #FE, che ha portato a uno sviluppo travagliato ma anche interessante. Il producer Atlus Shinjiro Takada e quello Nintendo Hitoshi Yamagami hanno condiviso le loro visioni in un'intervista, tracciando l'evoluzione del progetto, nato come un crossover tra Shin Megami Tensei e Fire Emblem.
In uno stadio iniziale, sembrava difficile conciliare i due franchise: l'idea dalla parte Atlus è stata quella di creare un gioco di ruolo diverso dal solito, ma basato su solide meccaniche, mentre quella Nintendo ha guardato a sfumature da strategy simulation game, tipiche della serie Fire Emblem, ma non trovando la quadra necessaria, a sei mesi dall'inizio dello sviluppo è stata cambiata del tutto la direzione, sposando le caratteristiche che rappresentano al meglio un gioco di ruolo Atlus. Considerando il risultato, il tortuoso percorso si è rivelato quello giusto.
