Il finale originale della saga di Assassin's Creed prevedeva che il protagonista Desmond Miles fuggisse dalla Terra nello spazio con una nave spaziale, con l'obiettivo di iniziare una nuova civiltà.
Lo studente di cultura dei media digitali Lars de Wildt ha intervistato una serie di sviluppatori Ubisoft per l'articolo 'Religione commerciabile: Come la compagnia di giochi Ubisoft ha mercificato la religione per un pubblico globale' di Eurogamer. In una nota a piè di pagina all'interno di quell'articolo, de Wilt spiega che il team aveva un "piano originale" per la fine della serie, affermando che "in breve, il terzo gioco si sarebbe concluso con una risoluzione del conflitto nel presente, con Desmond Miles [...] che sconfigge Abstergo usando la conoscenza e le abilità combinate di tutti i suoi antenati, compresi Altair di AC1 ed Ezio di AC2".
Desmond non avrebbe solo messo fine all'Abstergo, ma sarebbe fuggito dalla fine del mondo - il terzo gioco sarebbe stato ambientato nel 2012, in coincidenza con la fine del calendario Maya - tramite quella che il creatore originale Patrice Desilet ha descritto come "una dannata astronave". Desmond sarebbe andato verso l'ignoto con l'alleata Lucy - che prendeva il nome dal famoso fossile Australopithecus - per permettere alla coppia di agire come Adamo ed Eva di una nuova civiltà.
Questi piani sono nati in un periodo durante il quale Assassin's Creed era ancora inteso come una semplice trilogia, e ovviamente non sono mai andati in porto. La storia di Desmond si concluse alla fine del terzo gioco, ma questo accadde solo dopo che Ezio aveva giocato la sua trilogia, e Desilet aveva lasciato Ubisoft. Anche Lucy non è più parte della trama, e Abstergo rimane un notevole antagonista della serie ancora oggi, anche dopo un totale di dodici giochi principali e una serie di spin-off.
