Fire Emblem: Three Houses ha registrato ottime vendite in Giappone, dove sono state piazzate circa l'80% delle copie distribuite inizialmente nei negozi.
Al debutto su Nintendo Switch, Fire Emblem: Three Houses è dunque andato vicino al sold-out in patria, con circa 150.000 unità vendute e risultati sostanzialmente superiori rispetto ai precedenti episodi del franchise.
Stando ai dati di Dengeki, infatti, Fire Emblem: Path of Radiance per GameCube si è fermato a 99.800 copie nella prima settimana (169.000 in totale), mentre Fire Emblem: Radiant Dawn per Wii non è andato oltre le 89.000 copie nella prima settimana (183.000 in totale).
Primo anche nelle classifiche italiane, Fire Emblem: Three Houses sembra insomma aver fatto guadagnare tanta popolarità alla serie, complici i voti altissimi assegnati al gioco dalla stampa internazionale.