Nell'ambientazione Body Harvest ci troviamo nell'anno 2016 e l'umanitò è stata sterminata, costreta all'estinzione da ripetuti attacchi di alieni malvagi.
Rimane però ancora una piccola speranza: viaggiare nel tempo a prima che si compiesse lo sterminio e fermare li l'invasione aliena.
Il protagonista di questo gioco è Adam Drake, un marine geneticamente potenziato, che si ritroverà costretto a tornare indietro nel tempo e prevenire il disastro.
Il gioco presenta cinque livelli molto grandi e spazianti tra varie realtà, inclusa la Grecia del 1916, la Java del 1941, l'America del 1966, la Siberia del 1991 e la cometa Aliena del 2016 come ultimo livello.
Ogni periodo è definito da un set unico di armi e veicoli, inclusi aerei, carri armati, macchina, camion e biciblette. Lungo la strada verso il completamente della missione bisognerà chiedere ai locali e cercare centinaia di edifici.
Con più di settanta differenti tipi di alieni da superare e più di sessanta vecioli da pilotare, sarete voi i protagonisti della show finale.