La prima cosa che si nota dalle immagini del videogame è la perfetta rappresentazione della città di New York. I palazzi, le strade e il traffico, infatti, sono stati perfettamente riprodotti dal team di sviluppatori che si sono avvalsi di numerose immagini satellitari per riprodurre qualsiasi cosa presente sul suolo della città.
Grazie a questo sforzo enorme dal punto di vista della produzione, lo Spiderman virtuale può sfrecciare tra le perfette riproduzioni dei palazzi reali in una New York completamente free-roaming.
Proseguendo il trend attuale che vuole città liberamente visitabili, infatti, anche Spiderman 3 è stato concepito per permettere al giocatore di esplorare liberamente la città. Ma la vera novità è rappresentata dal fatto che non è stata riprodotta solo la superficie, ma anche l'intricatissimo complesso di tunnel, cunicoli e gallerie che percorrono il sottosuolo della Grande Mela.
Le innovazioni, però, non si limitano a questo. Per la prima volta nella storia dei videogiochi, infatti, Spiderman potrà scegliere di indossare sia il classico costume rosso e blu sia il più potente e misterioso costume nero, destinato poi a diventare il costume del suo più mortale nemico. Come nel film e nelle avventure a fumetti i due costumi si differenziano sia per l'aspetto sia per le caratteristiche di potenza, agilità e carattere che riescono a conferire al sempre meno timido Peter Parker.
Anche il sistema di controllo del personaggio ha subito numerosi miglioramenti e può ora compiere le stesse mosse della sua controparte cinematografica grazie a determinate sequenze di pulsanti da premere per compiere le evoluzioni. Per chi se lo ricorda questa serie di meccaniche sono già stato adottate da alcuni giochi, per alcuni versi simili a quello impiegato dall'ormai vetusto Dragon's Lair e riprese dal recente God of War, ma sono in grado di apportare al titolo quel qualcosa in più per rendere ancora più attraente vestire i panni dell'Uomo Ragno.
Ottimamente rivisto anche il sistema delle animazioni, perfette, ed eccellente è la riproduzione delle caratteristiche sia dell'Uomo Ragno in tuta rossa sia di quello in tuta nera.